KARTEのタグの読み込み順序として、最初に「計測タグ」が読み込まれ、その後に「ユーザータグ」など他のタグが読み込まれるようにする必要があります。
KARTEのタグを同じページに複数設置する場合に、あるタグをGTMで設置し、別のタグを直接サイトに設置する場合、上記の順序を担保するのがより難しくなります。
そのため、基本的には、「すべて直接サイトに設置」か「すべてGTMで設置」のどちらかで対応頂くことを推奨しています。