スコアの管理画面でカスタムスコアを OFF にしている場合でも、その期間中にユーザーが何らかのイベントを送信した場合、スコアの値は更新（再計算）されます。

カスタムスコアの ON / OFF切り替えは、あくまでもユーザー一覧画面・ユーザー詳細画面での「表示」 / 「非表示」を切り替える機能になりますので、ご認識ください。

参考:
スコアの管理画面