サイトに直接流入したことを判別するためには以下のようなセグメントを作成いただければと思います。

googleもしくはyahooからの自然検索もしくはオーガニック流入を判別したい場合

最新のセッション | 閲覧 | リンク元ページ（リファラ）のホスト | 最新の値 | google, yahoo | のどれかを含む
且つ
すべての期間 | 閲覧 | 閲覧ページのクエリキー（utm_source）| 最新の値 | google, yahoo | のどれも含まない

ノーリファラー

最新のセッション | 閲覧 | リンク元ページ（リファラ）のホスト | 最新の値 | 存在しない

なおノーリファラーになるパターンとして以下のようなケースが想定されますが、パラメーターなどを付しているものについては除外設定いただくことで意図している条件に近づけることが可能です。

<ノーリファラーとなる例>
・ブラウザのブックマーク（お気に入り）からの場合
・ブラウザの閲覧履歴からの場合
・ブラウザのアドレスバーに直接URLを入力した場合
・ソフトウェアやアプリケーションのリンクからの場合
・httpsページからhttpページのリンクからの場合
・セキュリティソフトで誘導元の情報を送信しない設定にしている場合
・ブラウザの設定で参照元情報を残さない設定にしている場合
・メール（ウェブメールを除く）のリンクからの場合
・Flashコンテンツ（Flashバナーも）内のリンク機能からの場合
・metaタグによるリダイレクト（metaリフレッシュ）などの場合
・広告配信システムを使って配信する広告からの場合
・スマートフォンアプリからの場合
・QRコードからの場合（主に携帯サイト）

流入経路一覧（参考）